當前，我國城市化發展正處在由粗放擴張向綠色發展轉型的階段，產業結構調整也同樣處在向生態環境友好高端產業轉型的階段，城市擴張和工農業發展都會對耕地保護形成巨大影響，而且這種影響在短期內還會進一步增加。

完善最嚴格的耕地保護制度，必須重視耕地質量保護，切實扭轉只重視開發利用耕地的生產功能，而不重視呵護耕地作為生命共同體核心的整體功能的舊觀念。建議從以下四個方面對耕地進行整體保護、系統修復和綜合治理。

一是加強永久基本農田劃定與管理。自1986年實施以來，我國基本農田制度已經有了30多年的歷史。十七屆三中全會，更是把基本農田冠以“永久”，表明了中國呵護飯碗田、捍衛生命線的堅定意志和堅強決心。優先對永久基本農田采取分類管理，實施用途管制是十分必要的。對于高等級、無污染的永久基本農田實施優先保護；對中低等級、有輕度污染存在的永久基本農田要加強在安全利用過程中的自然恢復和耕地健康建設，使有效耕作層變厚、使土壤有機質增加、使農田健康防護體系完善，減少農業生產過程中對耕地健康的損耗，逐步提高耕地健康水平；對有中重度污染的永久基本農田要嚴格管控，直至退出農業生產。

二是完善高標準農田建設內容。日本建設國家水稻田，設計壽命是40年，由于管理先進，實際使用壽命達到60-80年，而我國《高標準農田建設通則》所確定的設計壽命是10年。歐盟農地管護，已經從農業生產基礎設施建設，轉向農田生態基礎設施建設，對農田生態系統和農田系統生物多樣性給予了充分的考慮，而我國高標準農田建設和評價國家標準還缺乏這些內容的規定。應借鑒國際經驗，提高我國的高標準農田建設設計標準、補充完善相關內容。

三是深化全國耕地資源調查監測評價。改革開放以來，我國先后完成了兩輪全國范圍的土地調查，目前正在開展第三輪國土調查。調查的核心內容包括耕地資源調查，遺憾的是，這項調查目前還是以國土資源利用類型和權屬調查為主，對于自然資源的質量屬性、健康水平還缺乏全面調查設計。這個缺口必須填上、短板必須補齊。

四是推動土地科技創新。中國耕地長期持續高強度利用的嚴酷現實是其他國家所沒有的，先進國家也不可能為我們研發這項關鍵核心技術，中國土地資源安全與管控的關鍵核心技術只能依靠中國科學家來完成。呵護耕地健康、投資自然資本是關系中華民族生存發展的戰略科技創新工程，必須做好頂層設計，切實組織實施好。